Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές μπορούν να εκφράζουν οποιαδήποτε παράπονο ή ένσταση σχετικό με τις σπουδές τους και για αυτό εφαρμόζεται στο Δ.Π.Μ.Σ. “Θρησκευτικός και Προσκυνηματικός Τουρισμός” ο μηχανισμός διαχείρισης παραπόνων. Η συγκεκριμένη διαδικασία αφορά σε όλα τα παράπονα/ενστάσεις που άπτονται της ποιότητας των παρεχόμενων από το Πρόγραμμα εκπαιδευτικών, ερευνητικών και διοικητικών υπηρεσιών.